El doctor Aguilar Villanueva ha sido considerado como el iniciador del enfoque analítico de las políticas públicas en México y América Latina. Se ha desempeñado como profesor e investigador en la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), El Colegio de México, el Instituto Tecnológico Autónomo de México (ITAM), la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Xochimilco y el Instituto Universitario Ortega y Gasset en Madrid, España.

Consejero Ciudadano del Consejo Consultivo de la Secretaría de Desarrollo Social (1998-2001); coordinador de Asesores del Secretario de Gobernación (1995-1997); subsecretario de desarrollo Político en la Secretaría de Gobernación (1994-1995); presidente de la Fundación Mexicana Cambio XXI Luis Donaldo Colosio (1994); consejero ciudadano del Consejo Consultivo de la Secretaría de Desarrollo Social (1998-2001); miembro del Comité Internacional de Expertos en Administración Pública del Consejo Económico y Social de las Naciones Unidas (2006-2009); coordinador del Comité Técnico de la Red de Políticas Públicas de la Universidad de Guadalajara (2011-2020); y, fundador y director del Instituto de Investigación en Políticas Públicas y Gobierno de la Universidad de Guadalajara.