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Tiene entre sus funciones sustantivas: realizar investigaciones académicas y programas de docencia de nivel superior; y, contribuir con propuestas de solución a los problemas sociales, culturales políticos y económicos del país, y del estado de Jalisco en particular.
Desde 1986, El Colegio de Jalisco está inscrito en el Registro Nacional de Instituciones y Empresas Científicas y Tecnológicas (Reniecyt) de Conacyt con la clave 193, tal como lo mandata la Ley de Ciencia y Tecnología.
El 8 de noviembre de 2012, el Gobernador de Jalisco –mediante el Acuerdo DIGELAG ACU 060/2012– reconoció a esta institución como un Centro de Investigación, Posgrado y Ciencia en las Áreas Sociales y Humanidades.
Desde junio de 2020, El Colegio de Jalisco es reconocido por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) como una institución de educación superior pública estatal, con la clave 193 Reniecyt.
